La storia del Museo prende il via dalla cultura di recupero antiquario viva in Pisa sin dal Settecento, che si identifica con il primo nucleo di dipinti di “primitivi” raccolti dal canonico del Duomo Sebastiano Zucchetti (1796).
La collezione lasciata in uso per la Scuola di Disegno, si accresce nel secolo successivo di altre opere pittoriche e scultoree, recuperate anche attraverso le acquisizioni al demanio effettuate in epoca napoleonica e post-unitaria, con la graduale confluenza nella locale Accademia di Belle Arti. Solo nel 1893 Iginio Benvenuto Supino allestisce presso il convento di San Francesco il nuovo prestigioso Museo Civico, di cui redige anche un prezioso catalogo.
Nel 1949 nasce infine il nuovo Museo Nazionale, che accoglie le raccolte dell’ex Museo Civico con gli ulteriori incrementi e si insedia nel restaurato convento di San Matteo in Soarta.
Dell’antico monastero medievale (secolo XI) oggi sono individuabili solo alcune delle strutture originarie, principalmente nei locali interni. Alla metà del Cinquecento, in ogni caso, il convento fu sottoposto a modifiche, come rivela la data nel chiostro, a colonne e capitelli tuscanici in arenaria. Alla fine del Settecento o agli inizi dell’Ottocento risale probabilmente l’attuale facciata d’ingresso al museo, prospiciente il lungarno, di ispirazione neoclassica.
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