Il museo occupa la Sala Capitolare del convento di Santa Maria Maddalena de’ Pazzi, appartenente in origine alle “convertite o penitenti” dell’ordine benedettino (1257-1442), poi ai cistercensi della Badia a Settimo (1442-1628), infine alle carmelitane di Santa Maria Maddalena de’ Pazzi, che l’abitarono fino al momento delle soppressioni post-unitarie (1866).
Conserva l’affresco con la Crocifissione, la Vergine, San Giovanni, la Maddalena e i Santi Bernardo e Benedetto, eseguito dal Perugino tra il 1493 e il 1496 su committenza di Dionigi e Giovanna Pucci.
Nella stessa sala sono conservati anche l’affresco staccato e la sua sinopia con San Bernardo accoglie il corpo di Cristo, eseguito probabilmente nel 1506 da un allievo del Perugino, Sperandio di Giovanni.
 La Sala del Perugino è ora accessibile da via della Colonna n. 9, ingresso principale del Liceo Classico “Michelangelo”. 
Accessibilità disabili:  Presenza di due e tre gradini che rendono difficile l’accesso al Cenacolo da parte di persone su sedia a rotelle.La Sala del Perugino è temporaneamente chiusa al pubblico. Ci scusiamo per il disagio.